Δέκα ζευγάρια θα αναδείξει η κλήρωση της 2ης φάσης του Κυπέλλου Ελλάδας, η οποία θα διενεργηθεί την Πέμπτη 8 Σεπτεμβρίου και ώρα 11:00 (live streaming) και στην οποία θα συμμετάσχουν οι Κυπελλούχες/φιναλίστ των Ενώσεων Ποδοσφαιρικών Σωματείων που προκρίθηκαν από την 1η φάση.

Οι ομάδες θα κληρωθούν σε δύο γκρουπ με βάση γεωγραφικά κριτήρια:

1ο γκρουπ

1. Απόλλων Παραλιμνίου
2. Ιωνικός Ιωνίας
3. ΠΑΟΚ Κρηστώνης
4. Βύρων Καβάλας
5. Νικητής αγώνα Πανθρακικός-Αλεξανδρούπολη
6. Αστέρας Τριποτάμου
7. Ελασσόνα
8. Βατανιακός
9. ΠΟ Φήκης
10. ΑΕ Ποντίων Κοζάνης
11. Αστέρας Πετρίτη
12. Αστέρας Σταυρού

2ο γκρουπ

1. Ερμής Μελιγούς
2. Απόλλων Ευπαλίου
3. Παμβουπρασιακός
4. Διαγόρας Βραχνέικων
5. Ναυπακτιακός Αστέρας
6. Τηλυκράτης
7. Πανελευσινιακός
8. Νικητής αγώνα Άρης Βούλας-Νέα Αρτάκη
9. Νικητής αγώνα Αετός Λουτρών-Αλμυρός
10. Νικητής αγώνα Ερμής Ζωνιανών-Ηλιούπολη
11. Άγιος Νικόλαος
12. ΑΕΡ Αφάντου

Σημειώνεται ότι οι δύο τελευταίες ομάδες στην κλήρωση κάθε γκρουπ θα περάσουν άνευ αγώνα στην επόμενη φάση της διοργάνωσης, στην οποία θα προκριθούν συνολικά 14 ομάδες.

Οι αγώνες της 2ης φάσης θα είναι νοκ άουτ (παράταση, πέναλτι).

Υπενθυμίζεται ότι στην 3η φάση του Κυπέλλου Ελλάδας θα αγωνιστούν και οι ομάδες της Super League 2.