Η Επιτροπή Διοργανώσεων της Ε.Π.Ο. αποφάσισε να αναβαθμίσει το Κύπελλο Ελλάδος για την αγωνιστική περίοδο 2018-2019, με την συμμετοχή σ΄ αυτό και όλων των Κυπελλούχων των ΕΠΣ.

Παράλληλα και συνεπεία αυτού καταργήθηκε η δεύτερη φάση του Κυπέλλου Ερασιτεχνών, που διοργανώνονταν από την ΕΠΟ και στην οποία κατά την αγωνιστική περίοδο 2017-2018 συμμετείχαν οι Κυπελλούχες Ομάδες των ΕΠΣ και στις περιπτώσεις που αυτές, για οποιονδήποτε λόγο, είτε αδυνατούσαν είτε δεν δήλωσαν συμμετοχή, τότε συμμετείχαν οι Φιναλίστ. Έτσι στην προκήρυξη του Κυπέλλου Ελλάδος, για την αγωνιστική περίοδο 2018-2019 που εγκρίθηκε από την Εκτελεστική Επιτροπή της Ε.Π.Ο., αναγράφηκε ότι θα συμμετέχουν στον θεσμό οι Κυπελλούχες ομάδες των ΕΠΣ ή οι Φιναλίστ.

Στη συνέχεια και επειδή ακριβώς αναδείχθηκε το ζήτημα της αντιμετώπισης των περιπτώσεων που μία κυπελλούχος ομάδα ΕΠΣ την περυσινή αγωνιστική περίοδο δεν είχε δηλώσει συμμετοχή στην Β΄ Φάση του Κυπέλλου Ερασιτεχνών και στην θέση της δήλωσε και συμμετείχε η φιναλίστ και τέθηκε το ερώτημα ποια ομάδα από τις δύο θα συμμετάσχει στην προσεχή διοργάνωση, η Επιτροπή Διοργανώσεων της Ε.Π.Ο. το εξέτασε στην συνεδρίασή της 19-7-2018 και έλαβε την απόφαση ότι στο Κύπελλο Ελλάδος την αγωνιστική περίοδο 2018-2019 θα λάβουν μέρος οι ομάδες που συμμετείχαν στην Β΄ φάση του Κυπέλλου Ερασιτεχνών την περίοδο 2017-2018. Κατά συνέπεια θα συμμετάσχουν όσες φιναλίστ συμμετείχαν στην Β΄ φάση του Κυπέλλου Ερασιτεχνών την αγωνιστική περίοδο 2017-2018 στη θέση των Κυπελλούχων των ΕΠΣ της ίδιας περιόδου. Απόφαση αυτή της Επιτροπής Διοργανώσεων εγκρίθηκε στην συνεδρίαση της 26 Ιουλίου 2018 της Εκτελεστικής Επιτροπής της Ε.Π.Ο.